吉森大學作為一所綜合性大學開設了超過150個專業(yè)，其中絕大部分都已經(jīng)對課程進行了模塊化設置，并且按照博洛尼亞進程轉(zhuǎn)換成分段的學士/碩士學制。受歡迎的專業(yè)分別是企業(yè)管理學、營養(yǎng)學、各師范專業(yè)以及有招生名額限制的醫(yī)學專業(yè)（含獸醫(yī)學）。
該校專業(yè)設置涵蓋了傳統(tǒng)的自然科學、哲學、法學、經(jīng)濟學、人文科學等領(lǐng)域。尤其是其醫(yī)學、獸醫(yī)學、農(nóng)學以及營養(yǎng)學的水平十分突出，并在該領(lǐng)域提供了德國獨一無二的綜合學科專業(yè)。吉森大學在多年的辦學過程中注重不斷提高現(xiàn)有專業(yè)水平，并積極拓寬可頒發(fā)學士和碩士學位的專業(yè)方向。
醫(yī)學系是吉森大學的閃光點。吉森大學培養(yǎng)出了很多著名的醫(yī)學專家：德國名醫(yī)格雷戈爾-霍斯特斯（Gregor Horstius）；現(xiàn)代藥理學的奠基人路德維希-畢希納（Ludwig Buechner）；但最著名的還是X射線的發(fā)明者，諾貝爾獎獲得者威廉-康拉德-倫琴（Wilhelm Conrad R-ntgen）。
吉森大學曾在QS排名的30個專業(yè)上，有一個專業(yè)進入世界前200強：農(nóng)林專業(yè)，排名世界第101-150名，是德國僅有10所上榜的學校之一；在上交大世界大學學術(shù)排名上，吉森大學的醫(yī)科專業(yè)進入了世界前200名，排名世界第151-200位，是德國進入該排名榜單的17所學校之一。
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